Мария Митрофанова родилась 19 декабря 1972 года в Самаре.

В 1993 году закончила Самарское художественное училище.

В 1993 – 1996 гг. работала художником-декоратором в Самарском академическом театре драмы.

В 2002 г. окончила Российскую академию театрального искусства (ГИТИС), факультет сценографии, курс С.М. Бархина.

Мария — неоднократный номинант Российской национальной театральной премии «Золотая маска» в номинации «Лучшая работа художника» (спектакли «Рассказ о семи повешенных», «Рассказ о счастливой Москве», Театр п/р О. Табакова); лауреат Театральной премии «Хрустальная Турандот» за лучшую сценографию (спектакль «Гиганты Горы», театр «Мастерская П. Фоменко»).

В Театре им. Вл. Маяковского Мария — автор сценографии в спектакле «Йокнапатофа».